Historia Instytutu rozpoczyna się od powstania w 1991 roku w Krakowie Szkoły Zdrowia Publicznego – międzywydziałowej jednostki Akademii Medycznej i Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ta pierwsza w Polsce szkoła zdrowia publicznego powstała przy wsparciu Ministerstwa Zdrowia i Opieki Społecznej oraz przy doradztwie przedstawicieli francuskiego Ministerstwa Zdrowia. Formalne założenie szkoły poprzedziły kilkumiesięczne przygotowania prowadzone przez dwóch pełnomocników MZiOS: Andrzeja Rysia i Tadeusza Skarbka. Szkoła wzorowana była na francuskiej Ecole Nationale de Sante Publique.

  Pierwszym dyrektorem Szkoły został dr Tadeusz Skarbek (1991-1992), którego wkrótce zstąpił na tym stanowisku Andrzej Ryś (1992-1996). Zespół SZP już w 1991 roku rozpoczął intensywną i wielokierunkową działalność edukacyjną mającą na celu przygotowanie nowoczesnej kadry menedżerskiej dla potrzeb zmieniającego się polskiego systemu opieki zdrowotnej. W tym celu otwarto 2-letnie dzienne studia podyplomowe w zakresie zarządzania szpitalem i administracji publicznej, a w 1993 roku 3-letnie studia podyplomowe, dla osób zatrudnionych na stanowiskach kierowniczych w instytucjach ochrony zdrowia. Jako wzór kursów posłużyły m.in. programy ENSP i Harwardzkiej Szkoły Zdrowia Publicznego w dziedzinie polityki i zarządzania w opiece zdrowotnej. W latach 1993 – 1998 prowadzone były, wspólnie z francuskimi partnerami, roczne studia podyplomowe dla inspektorów farmaceutycznych. W 1997 otwarto roczne Podyplomowe Studium Promocji Zdrowia dla osób realizujących zadania w zakresie programów zdrowotnych. Ten program studiów powstał w ramach programu Tempus Unii Europejskiej i wzorowany był na podobnych programach edukacyjnych realizowanych w Holandii.

  W 1992 roku Szkoła Zdrowia Publicznego została członkiem Association of Schools of Public Health in European Region (ASPHER). W październiku 1994 roku była organizatorem XVI konferencji ASPHER pt. Information Policy in Public Health, a w roku 1995 uzyskała akredytację Stowarzyszenia dla oferowanych przez siebie programów nauczania.

   W lutym 1997 roku, na mocy uchwały Senatu UJ, Szkoła Zdrowia Publicznego weszła w strukturę Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego, przekształcając się w Instytut Zdrowia Publicznego i razem z Instytutem Pielęgniarstwa tworząc Wydział Ochrony Zdrowia (obecnie Wydział Nauk o Zdrowiu). W 1996 roku Dyrektorem SZP (a następnie Instytutu) został Prof. dr hab. W. Cezary Włodarczyk. W 1997 roku w Instytucie otwarto 5-letnie studia przeddyplomowe na kierunku Zdrowie Publiczne, w systemie 3-letnich studiów licencjackich i 2-letnich magisterskich, które następnie przekształciły się w system dwustopniowy obejmujący 3-letnie studia licencjackie i 2-letnie studia magisterskie. W ramach tych studiów kształci się przyszłą kadrę administracyjną i kierowniczą dla potrzeb systemu opieki zdrowotnej, umożliwiając uzyskanie stopnia licencjackiego i magisterskiego w zakresie zdrowia publicznego. W 2002 roku opuścili mury Instytutu pierwsi w Polsce magistrzy zdrowia publicznego.

  Szkoła a później Instytut w ciągu lat swojego istnienia zorganizowały kilkadziesiąt krajowych i międzynarodowych konferencji, seminariów oraz warsztatów dotyczących problemów zdrowia publicznego, zarządzania i kształcenia w tej dziedzinie.

  Funkcję Dyrektora Instytutu Zdrowia Publicznego pełnili kolejno: prof. dr hab. Zdzisław Szafran (2001-2002), prof. dr hab. Stanisława Golinowska (2002-2008),  prof. dr hab. med. Andrzej Pająk (2008-2012). Od września 2012 r.. do września 2016 obowiązki Dyrektora Instytutu Zdrowia Publicznego sprawował prof. dr hab. Cezary W. Włodarczyk. Od września 2016 r. do sierpnia 2020 r. dyrektorem Instytutu był dr hab. Christoph Sowada, prof. UJ. Od września 2020 r. nowym dyrektorem Instytutu jest dr hab. Iwona Kowalska-Bobko, prof. UJ.

   W kwietniu 2011 r. minęło 20 lat od czasu powstania Szkoły Zdrowia Publicznego. Z tej okazji dnia 16 kwietnia 2011r. odbyło się uroczyste sympozjum naukowe zatytułowane Zdrowie publiczne w Europie, będące równocześnie zjazdem absolwentów oraz byłych i obecnych pracowników Szkoły Zdrowia Publicznego/ Instytutu Zdrowia Publicznego. Gośćmi specjalnymi byli m.in: John Dalli, Komisarz Unii Europejskiej ds.Zdrowia i Konsumentów, prof. Helmut Brand, Prezydent-elekt Stowarzyszenia Szkół Zdrowia Publicznego w Regionie Europejskim (ASPHER), dr Marek Haber – Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Zdrowia RP oraz dr Andrzej Ryś – Dyrektor ds. zdrowia publicznego w Dyrekcji Generalnej Zdrowia i Konsumentów Komisji Europejskiej, w latach 1992-1996 dyrektor Szkoły Zdrowia Publicznego.

  Dnia 3 czerwca 2016 r. z okazji obchodów 25-lecia powstania Instytutu Zdrowia Publicznego w Collegium Medicum UJ zorganizowano konferencję naukową  pt. Zdrowie publiczne w Polsce, w Europie i na świecie, w której uczestniczyli absolwenci Szkoły i Instytutu Zdrowia Publicznego, byli i obecni pracownicy Instytutu, przedstawiciele Ministerstwa Zdrowia, NIZP-PZH, WHO Polska i inne osoby związane ze zdrowiem publicznym.

  W roku 2011 kształcenie na kierunku Zdrowie Publiczne otrzymało ocenę wyróżniającą Państwowej Komisji Akredytacyjnej (uchwała nr 515/ 2011 Prezydium PKA z 10.06.2011 r.).  Natomiast w roku 2012 kierunek Zdrowie Publiczne został przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego wyróżniony dotacją projakościową, przyznawaną najlepszym w Polsce kierunkom studiów. W całej Polsce wyróżniono tylko 28 kierunków na 25 wydziałach.

  Instytut Zdrowia Publicznego wydaje własne czasopismo naukowe „Zeszyty Naukowe Ochrony Zdrowia. Zdrowie Publiczne i Zarządzanie”, stanowiące platformę prezentacji prac naukowych prowadzonych w środowisku nauk o zdrowiu.